复旦大学生命科学学院生化系张一婧团队开发小麦族代谢基因簇检测与注释平台Triticeae-BGC

2024-05-14 16:06:54 刘叶乔


2023106日,Journal of Genetics and Genomics在线发表复旦大学生命科学学院张一婧研究员团队题为“Triticeae-BGC: a Web-based platform for detecting, annotating and evolutionary analysis of biosynthetic gene clusters in Triticeae”的研究论文。该研究开发了一个小麦族生物合成基因簇的识别、注释和进化分析平台(http://119.78.67.240:3838/Triticeae-BGC/),系统检测了普通小麦中潜在的功能性生物合成基因簇,为关键防御基因的功能注释提供重要资源。

该平台预测了九个小麦族及相关物种(包括普通小麦、野生四倍体小麦、驯化四倍体小麦、乌拉尔图小麦、粗山羊草、黑麦、二穗短柄草、玉米和大麦)中的基因簇,并检索了共表达和共通路的功能信息以过滤假阳性结果。此外,该平台还比较了BGCs的功能蛋白质结构域组成和序列共线性,探究小麦族物种对环境响应的动态进化路径。

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责任编辑:刘叶乔

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